Kun iPhone SE julkistettiin maanantaina, osasivat monet jo odottaa, ettei iPhone 6s:ssä nähty Force Touch tee puhelimessa paluuta. Syyt tähän ovat moninaiset, mutta muun muassa Force Touchin kallis hinta ja rajoitettu tuotantokapasiteetti lienevät vaikuttaneen päätökseen. Muun tekniikan osalta iPhone SE vastasi kuitenkin iPhone 6s:ää, ja muun muassa kamera ja suoritin saivat toivotun päivityksen.

Ottaen huomioon, että iPhone SE on sisuksiltaan lähes iPhone 6s:ää vastaava, pitivät monet itsestäänselvyytenä, että myöspuhelimen sormenjälkilukija vastaa nykystandardeja. Viimeiset suuremmat päivitykset sormenjälkilukijaan tulivat kaksi ja puoli vuotta sitten iPhone 6:n myötä, eikä vuosiavanha tekniikka ole ongelma tuotantokapasiteetin tai kustannusten suhteen. Järkisyiden puitteissa nykyaikaisen sormenjälkilukijan tuleminen iPhone SE:hen vaikuttikin enemmän oletukselta kuin kysymykseltä.

Huolimatta odotuksista sormejälkilukijan päivittymiselle, on Applen suunnittelutiimi päätynyt käyttämään iPhone SE:n sormenjälkilukijassa vanhempaa tekniikkaa, joka on peräisin vuonna 2013 julkaisusta iPhone 5s:stä. Käytännössä vanhempi tekniikka tarkoittaa hitaampaa lukituksen aukeamista ja astetta epävarmempaa sormenjäljen tunnistamista. Huolimatta tekniikan rajoitteista, ei vanhempi sormenjälkilukija välttämättä muodostu varsinaiseksi kynnyskysykseksi iPhone SE:n ostamiselle, sillä jo vanhassa iPhone 5:ssä sormenjälkilukija toimi verrattain hyvin.